Secara kelembagaan sistem penjaminan mutu terdiri dari tiga, yakni :
- LPM (Lembaga Penjaminan Mutu) di tingkat Universitas
- GPM (Gugus Penjaminan Mutu) di tingkat Fakultas
- UPM (Unit Penjaminan Mutu) di tingkat Program Studi
Dengan demikian maka sistem penjaminan mutu fakultas di bawah Lembaga Penjaminan Mutu UMG. Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) UMG dibentuk berdasarkan SK Rektor No.20/Kep/II.3.AU/D/2008, Gugus Penjaminan Mutu di tingkat Fakultas dibentuk berdasarkan SK Rektor Nomor : 028/Kep/II.3.AU/BD/2009 sedangkan Unit Penjaminan Mutu di tingkat Program Studi dibentuk berdasarkan SK Dekan Nomor: 001/FIB-UMG/Kep/2009. Dengan demikian ada acuan legalitas penyelenggaraan sistem jaminan mutu mulai dari universitas hingga program studi.
Personel yang terlibat dalam organisasi jaminan mutu di tingkat universitas adalah perwakilan dari seluruh Fakultas di UMG ditambah dengan staf administrasi, personel yanga terlibat dalam GJM adalah perwakilan dari program studi di masing-masing Fakultas, sedangkan di UJM adalah Dosen di Program Studi. Untuk meningkatkan wawasan penjaminan mutu tersebut, personel-personel tersebut diutus untuk mengikuti pelatihan penjaminan mutu di Kopertis wilayah IX, di perguruan tinggi lain yang melaksanakan pelatihan, disamping studi komparatif ke perguruan tinggi yang telah memiliki organisasi jaminan mutu yang kuat.
Standar yang digunakan untuk melaksanakan penjaminan mutu adalah Standar Penyelenggaraan Akademik Universitas Muhammadiyah Gorontalo, Sistim Penjaminan Mutu Internal Universitas Muhammadiyah Gorontalo SPMI UMG. Proses penjaminan mutu internal belum menggunakan instrument yang disusun secara khusus untuk mengaudit mutu, namun masih bersifat evaluasi berdasarkan empiris melalui rapat-rapat dan pembahasan atas capaian yang dilaksanakan dengan parameter yang mengacu pada Instrumen Akreditasi BAN-PT.
Pada beberapa waktu ke depan, UJM, GJM, dan LPM akan merampungkan instrument audit mutu internal yang sinkron dengan instrument akreditasi BAN PT, agar rekomendasinya dapat menjamin terpenuhinya parameter-parameter mutu yang ditetapkan berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku. Disamping itu, UJM, GJM, dan LPM akan melakukan pelatihan auditor mutu secara internal, sehingga dari segi kualifikasi personalia bisa terpenuhi.
Manajemen kendali mutu menggunakan model PDCA (plan, do, chek, action). Meskipun kondisi saat ini, UJM, GJM, dan LPM masih terfokus pada menyiapkan segala bahan-bahan tertulis Standar Operasional Prosedur (SOP) secara menyeluruh pada pendampingan program-program studi untuk menyelenggarakan akreditasi. Pendampingan dilakukan dalam hal tehnis pengisian Borang Akreditasi Prodi maupun Fakultas, Penyusunan Evaluasi diri. Pendampingan juga dilakukan dalam bentuk diskusi dan pembahasan tehnis ketercapaian skor minimum (assessment kecukupan) yang dipersyaratkan dalam Akreditasi BAN PT, sehingga diharapkan dokumen Akreditasi benar-benar dapat dipertangungjawabkan dan memberikan hasil yang baik.
Adapun standar-standar penjamin mutu yang akan dilaksanakan oleh ketiga Lembaga Penjaminan Mutu mulai dari universitas, fakultas dan program studi terdiri dari 15 Standar penjaminan mutu sebagai berikut :
1) Pembinaan Iman dan Taqwa
2) Pengelolaan
3) Pengembangan Kurikulum
4) Proses Pembelajaran
5) Penciptaan Suasana Akademik
6) Pembinaan Kemahasiswaan
7) Kompetensi Lulusan
8) Dosen dan Tenaga Kependidikan
9) Pembiayaan
10) Sarana dan Prasarana
11) Sistem Informasi dan Promos
12) Penelitian dan Publikasi Ilmiah
13) Pelayanan dan Pengabdian kepada Masyarakat
14) Kerjasama Dalam dan Luar Negeri
15) Evaluasi Kinerja